Pazuello assumiu interinamente o comando da pasta em 16 de maio, em meio à pandemia do novo coronavírus no Brasil. Ele substituiu Nelson Teich que ficou um mês no cargo, tendo substituído Luiz Henrique Mandetta.
Depois de quatro meses como ministro interino da Saúde, Eduardo Pazuello será efetivado no cargo. A cerimônia de posse ocorrerá na quarta-feira (16). 
Nesses quatro meses, Pazuello defendeu o tratamento precoce de covid-19 e a autonomia de estados e municípios na adoção de políticas de isolamento social. Com ele à frente da pasta, o Ministério da Saúde estabeleceu uma nova diretriz com orientações para o uso precoce da cloroquina e da hidroxicloroquina no tratamento da covid-19, inclusive para casos leves. Ao mesmo tempo, o ministro destacou que não vê nada de errado em questionar o uso do fármaco para esse fim.
General do Exército, Pazuello é especialista em logística. O militar foi coordenador logístico das tropas do Exército durante os Jogos Olímpicos e Paralímpicos, além de ter coordenado as operações da Operação Acolhida, que presta assistência aos imigrantes venezuelanos que chegam a Roraima fugindo da crise política e econômica no país vizinho.
